中共北京石油学院第二次代表大会于1959年3月14日至20日举行。阎子元代表上届党委作了题为《关于进一步贯彻党的教育方针问题》的报告。会议指出今后学院的总任务是：在党的领导下发挥教师、学生、职工三结合的力量，摸出一套教学、生产、科研三结合的经验，以达到贯彻党的教育方针，提高教学质量的目的。会议强调学校工作应当以教学为主，在教学工作中应明确以教师为主，建议教学部门加强基础课教学，减少劳动时间，增加理论课的教学时数等。

大会选举了新的党委领导成员，决定了实行党委领导下的院务委员会负责制。院务委员会是党委领导下的学院最高行政机构，院长为主席。凡有关教学、生产、科研等行政方面的较重大问题，都经此机构讨论通过，再贯彻执行。