2004年9月，同济大学通过公开招聘，聘任美籍华人学者杨杰为生命科学与技术学院院长、教授。2005年3月，在有关博士点申报材料中，一篇2004年发表于《肺癌》（LUNG CANCER）杂志的论文，被列入杨杰作为第一作者的论文清单。经查证，该论文并非杨杰的成果。文献检索所显示的作者署名缩“J.YANG”，不是“JIE YANG（杨杰）”而是“JUN YANG（杨军）”。此前，杨杰以第二作者的身份确实在《肺癌》杂志上发表过论文，但所刊出的论文是在填写博士点申报材料之后，故存在明显造假。
2005年7月，杨杰在申报长江学者特聘教授候选人的申请材料中，再一次将JUN YANG在《肺癌》上发表的论文列入自己的成果清单。
2006年3月，在申报国家自然科学基金重点和面上项目的材料中，杨杰将他人承担的国家“十五”攻关项目课题列入其承担的科研项目栏目。
经校方深入调查后，杨杰的行为背离了一个教育工作者和学者基本的科学精神和诚信操守，违反了学校和教育部《关于加强学术道德建设的若干意见》等规章制度，根据同济大学与其签订的聘任合同的有关条款，2006年3月，同济大学正式免去其院长职务；2006年6月，同济大学决定终止与杨杰2007年7月到期的聘用合同，解除其同济大学教授职务的聘任，杨杰不再从事任何教学事务。