“软科中国两岸四地大学排名”的排名对象为中国大陆地区、台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为目标、并面向两岸四地招生的大学。

在大陆地区，以是否受到“211工程”支持作为标准来判断大学是否以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为主要目标；在台湾地区，根据淡江大学学习与教学中心教育评鉴发展组对台湾高校分类中的“博士型大学”的划分标准，筛选了38所大学作为建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学的群体。在香港特别行政区和澳门特别行政区确定了可以授予博士学位、并面向大陆地区招收学生的10所大学作为排名的对象，其中香港8所、澳门2所。

排名采用的指标体系在世界大学学术排名所采用的指标体系基础上，增加了数个同时适用于两岸四地教育状况的指标，形成了包括人才培养、科学研究、师资质量和学校资源4大类13项指标的指标体系。在指标权重的安排上遵循了《高等教育机构排名的柏林原则》 中要求优先考虑产出指标的原则。