马萨里克大学成立于1919年1月28日，拥有四个学院：法律，医学，科学和艺术学院。

1960年，为纪念捷克生物学家扬·埃万盖利斯塔·普尔基涅（Jan Evangelista Purkyně）将其改名为扬·埃万盖利斯塔·普尔基涅大学（Jan Evangelista Purkyně University）。

1990年，在天鹅绒革命之后，恢复原名。